恐龙与鸟类的关系是近几十年来古生物界的热门研究课题。随着研究的不断深入以及新证据的发现，两个动物类群之间的关系既越来越清晰，同时也越来越具有争议。其实早在100多年前，学者们就提出了恐龙与鸟类之间关系的大胆猜想。

与美颌龙发现于同一地层中的始祖鸟，一度被认为是最为原始的鸟类，其身上有许多原始的类似爬行动物的特征，而这些特征在美颌龙身上也有体现，这不禁让人们开始猜测它们之间的关联。德国解剖学家卡尔·根格包尔（Karl Gegenbaur）、美国古动物学家爱德华·德林克·科普（Edward Drinker Cope）曾提出美颌龙、始祖鸟有类似的地方，托马斯·亨利·赫胥黎（homas Henry Huxley）进一步比较了始祖鸟与美颌龙之间的骨骼，进而推断出始祖鸟应该是美颌龙的近亲，而且早期的鸟类也与恐龙有一定的亲缘关系。事实上，美颌龙激起了赫胥黎对鸟类起源的兴趣，这远大于始祖鸟对他的影响。