南通大学是国务院批准的首批具有硕士学位授予权的单位，2003年成为联合培养博士生单位，2009年被批准为博士学位授予立项建设单位。学校现有1个联合培养博士点，17个一级学科硕士学位授权点。拥有省高校国家重点学科培育建设点、江苏省重点学科、江苏省高校优势学科建设工程一期项目、省临床医学重点专科、省高校优秀学科梯队等，构建了较为完备的学科体系和学科建设长效机制。
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